印度尼西亚有100多个民族，其中主体民族是爪哇族，占全国人口的40%。此外，印尼还有巽他族、马都拉族、马来族等几个占比较大的民族。但是，除巴布亚人外，印尼的所有民族都统称为印度尼西亚民族。无论是爪哇族还是其他民族，他们都是广义上的马来人，说南岛语系马来-波利尼西亚语族的语言。
“印度尼西亚”一词来源于拉丁语或希腊语，由“印度”与“尼西亚”两词合成。尼西亚nesia是群岛的意思，印度尼西亚就是印度群岛，旧时被西方人称为“东印度群岛”，以区分中美洲的“西印度群岛”。其实，欧洲人所说的包括马来半岛南部在内的东南亚群岛Insulinde与印度尼西亚是同一地理概念，就是我们中国人所说的南洋。
印度尼西亚人的祖先来自北方的中南半岛，他们是公元前分批迁徙到东南亚群岛的。公元后，随着海上贸易的发展，一些印度人随后迁入。由于印度人的生产技术和文化比较先进，因此印度尼西亚人贵族与印度移民上层结合并采用印度化的组织方式进行统治，从而使大多数印尼人接受了印度的文化，诸如梵语、婆罗门教和佛教等等。不过也有例外，爪哇人仍然保留了自己的个性文化。
据中国史书记载，4世纪和7世纪时苏门答腊岛出现了两个比较大的印度化马来人王国——末罗瑜和室利佛逝，室利佛逝定都巨港，信奉佛教，也被中国史书称为三佛齐。之后，室利佛逝吞并了末罗瑜。随着马六甲航线的开通，室利佛逝在海上贸易中获得巨大财富，并不断进行扩张。10世纪时，室利佛逝成为马六甲海峡周边最强大的国家，版图一度包括马来半岛、苏门答腊岛和爪哇岛西部。
爪哇岛分为东、中、西三部分，西部长期处在室利佛逝控制下，居民为巽他人，说苏恩达内语，比较贫穷；中部和东部土壤肥沃，农业发达，居民为讲爪哇语的爪哇人。
4世纪时，爪哇岛先后建立几个时间长短不一的酋长国，第一个是西爪哇的塔卢马王国。塔卢马王国于669年被室利佛逝攻灭，之后在其地产生了巽他与加卢两个王国，后来分别被万丹和马塔兰所灭。
中爪哇北部因海上贸易和农业均发达，于7世纪产生了一个诃陵国，一度控制了中爪哇和东爪哇的很多部落和小国。诃陵国与唐朝有使节往来，《新唐书》记载，“诃陵以女子为王，威令严肃，道不拾遗。
750年，爪哇中部的夏连特拉王朝灭掉诃陵国。夏连特拉王朝为流亡到此的扶南太子所建，信奉金刚佛教，国名“山帝”。8世纪末，夏连特拉王国为复仇发兵攻打水真腊，俘虏并囚禁了水真腊国王阇耶跋摩二世，同时也使陆真腊成为其属国。后来，阇耶跋摩二世又作为夏连特拉王朝封臣被放回去，建立了吴哥高棉帝国。
夏连特拉山帝王国与室利佛逝均信奉佛教，所以关系很好。9世纪中叶，夏连特拉王朝被当地印度教湿婆势力推翻，建立了马塔兰王国。有意思的是，夏连特拉王子跑到巨港，继承了室利佛逝王位。马塔兰害怕室利佛逝报复，只好迁都东爪哇。
990年后，室利佛逝与马塔兰展开争霸。先是马塔兰占上风，一度攻入巨港。后室利佛逝击退马塔兰，于11世纪初联合其他部落，攻陷马塔兰首都，使其陷入无政府状态。
然而就在此时，来自印度半岛的朱罗王国突袭室利佛逝，摧毁巨港，使其陷入一片混乱。室利佛逝只好与马塔兰和解，马塔兰王子爱尔朗加乘机复国，重新统一东爪哇，建立固里班王朝。朱罗退兵后，室利佛逝迁都末罗瑜即占碑，从此走向衰落。
11世纪后期，马塔兰王国分裂为西部的谏议里王国和东部的戎牙路王国，分别由两个王子统治。后来，谏议里王国合并戎牙路王国，国家统一后经济获得发展，与室利佛逝保持和平关系。
但是，1222年，谏议里王国爆发农奴起义，胜利成果被地方官兼海盗庚安禄所篡夺，建立了新柯沙里王朝。新柯沙里王朝进行对外扩张，到13世纪末征服了爪哇和马来半岛南部，还建立了新加坡城，势力一度达到加里曼丹岛、巴厘岛和摩鹿加群岛。
此外，新柯沙里王朝还占领了苏门答腊岛的末罗瑜，使室利佛逝国土进一步萎缩，只剩巨港附近地区。由于没有了马六甲海峡两岸地区，以贸易立国的室利佛逝彻底走向衰落。
正当新柯沙里王朝积极进行对外扩张时，一方面谏议里国王查耶迦望积极准备复国，另一方面元朝派人来劝降。新柯沙里王朝末代国王格尔达纳卡拉非常自信，拒绝元世祖忽必烈的劝降，还侮辱了元使。结果还没等元朝出手，1292年谏议里王国国王查耶迦望就刺死格尔达纳卡拉，推翻了新柯沙里王朝，夺回了政权。
元朝很生气，后果很严重。1293年，2万元军攻打爪哇。不过新柯沙里王朝已故国王的女婿韦查耶先很有心机，先诈降元军，借元军之手推翻查耶迦望。然后，韦查耶先又趁元军不备发动突袭，把元军赶出爪哇。
元军撤走后，韦查耶先以满者伯夷为首都，建立了印度尼西亚历史上最强大的满者伯夷王朝。满者伯夷在东爪哇兴建了精密的水利系统，农业、手工业、交通运输和对外贸易全面发达，城镇繁荣，日渐强大起来。
1331年，满者伯夷建立了强有力的中央集权，开始大举对外扩张。满者伯夷向东征服了巴厘岛，向北控制了加里曼丹岛和马来半岛南部，向西征服了室利佛逝的绝大部分，一度成为本地区的霸主，控制着群岛的海上贸易。
据《爪哇史颂》记载，14世纪的满者伯夷曾统治整个巽他群岛和马来半岛。20世纪，印度尼西亚民族主义者曾把满者伯夷看作是荷兰人统一群岛前的印度尼西亚前身。可实际上，满者伯夷有效统治区域只有爪哇、马都拉岛和巴厘岛的2/3，其他的都是些属国，代表其势力范围，范围内的属国承认满者伯夷的霸主地位。
满者伯夷曾多次攻打室利佛逝，使其许多原先的属国纷纷易帜，室利佛逝王室吓得不轻，为避祸不得不带人逃往苏门答腊岛西部山区，他们就是米南加保人。
可是，室利佛逝是一个联盟政权，由许多小邦组成。室利佛逝王室虽然败走，但巨港的王子拜里米苏拉并不服从满者伯夷，拒绝交税。于是，14世纪末，满者伯夷出兵荡平了巨港。拜里米苏拉出逃到马来半岛，最后建立了一个小城邦马六甲。
拜里米苏拉走后，巨港陷入一片混乱。当地1000多华人拥戴广东人梁道明为首领，建立了新三佛齐。新三佛齐后来归顺明朝，成为巨港宣慰司的辖地。
15世纪后，满者伯夷走向衰落。1403年，马六甲在明朝册封后从一个小城邦升级为王国，凭借着地理位置优势和明朝的庇护，靠着海上贸易积累的财富迅速发展起来。到15世纪下半叶，马六甲王国的统治扩展到马来半岛的大部、廖内群岛和苏门答腊岛中东部地区，成为名副其实的东南亚海上霸主。
这个时候，13世纪传入的伊斯兰教已在苏门答腊岛西部的亚齐苏丹国扎下根来，这个亚齐苏丹国为流亡的占婆王族所建。面对如日中天的穆斯林势力，为了更长远的发展，马六甲国王与亚齐苏丹国公主联姻，改宗伊斯兰教，君主也用苏丹称号，演变成为马六甲苏丹国。
马六甲皈依伊斯兰教，极大的促进了伊斯兰教的广泛传播。伊斯兰教以马六甲为源头，向马来半岛和苏门答腊岛东岸传播。马六甲又有很多爪哇人，通过他们又把伊斯兰教传进爪哇各个港口，形成二级传播中心。最终，这些港口的商人又把伊斯兰教传遍整个东南亚群岛。
在伊斯兰教传播的过程中，印度尼西亚形成了一大批苏丹国。除了马六甲外，比较著名的还有东爪哇的淡目、西爪哇的万丹、苏门答腊的亚齐、加里曼丹岛的文莱和马辰以及望加锡、特尔纳特、蒂多雷、安汶等等。其中东爪哇的淡目于1478年灭掉了满者伯夷，成为爪哇最主要的国家。
随着明朝海禁政策的实施，马六甲辉煌不再，欧洲人的脚步临近。15世纪末，葡萄牙人从印度那里得知，令穆斯林致富的香料来自于东南亚群岛。于是，葡萄牙决定从穆斯林手里夺取香料贸易控制权。1511年，葡萄牙人第二次攻打马六甲，最终将其攻陷，马六甲苏丹国灭亡，其王室逃走后建立了柔佛和霹雳苏丹国。
随后，葡萄牙人以马六甲为基地向印度尼西亚渗透。1512年，葡萄牙登陆摩鹿加群岛即今天的马鲁古群岛，这个群岛香料品种最丰富、产量最多，因此被称为“香料群岛”。葡萄牙与该地的特尔纳特、蒂多雷两大苏丹签订协议，并进驻安汶岛，利用他们之间的矛盾，垄断香料贸易。此外，葡萄牙还因为檀香木生意在帝汶岛建立了殖民地。
但是，葡萄牙以武力强制推行基督教，遭到当地人的反对。而且，葡萄牙控制马六甲后，当地的穆斯林商人心想：惹不起我还还躲不起吗？于是，他们刻意避开马六甲，把贸易转移到其他港口，在各个苏丹国形成了自己的商业中心，不仅进一步传播了伊斯兰教，而且促进了各大苏丹国的发展。其中万丹苏丹国成为南洋各国商品集散的中心，因为船坚炮利，工事强大，葡萄牙人根本无法下嘴。所以，葡萄牙垄断亚洲贸易的企图最终落空。
1521年，麦哲伦发现菲律宾之后，西班牙势力也侵入“香料群岛”，与葡萄牙展开竞争。之后，葡萄牙给了西班牙的一笔偿金，使其退出了这一群岛。然而1580年，西班牙兼并了葡萄牙，给葡萄牙造成很大打击。
随后，在反抗西班牙独立战争中，群岛的葡萄牙人被荷兰人赶走，1605年和1608年安汶、班达先后落入荷兰之手。为了排挤西、葡两国的势力，1602年荷兰也成立联合东印度公司。1641年，荷兰攻陷了封锁8年的马六甲，葡萄牙人仅保留了帝汶岛一部分地区。同时为了对付英国的竞争，荷兰还在万丹的附庸雅加达建立巴达维亚据点，巴达维亚就是雅加达旧称，名字来源于荷兰人的祖先日尔曼巴塔维人。
在荷兰攻占马六甲之前，印度尼西亚的苏丹国也获得了空前的发展，其中最厉害的有两个，一个是亚齐苏丹国，一个是后马塔兰苏丹国。亚齐在斯坎达尔·穆达统治时期达到极盛，一度控制了苏门答腊的西岸和东北沿海地区以及马来半岛的大部地区。后马塔兰苏丹阿贡发动圣战，进行一系列扩张，占领了图班、马都拉、泗水，并获得对井里汶的宗主权，征服了整个爪哇东部。
但是后马塔兰围攻荷兰人城市巴达维亚的行动失败，也没有降服爪哇东边的巴厘岛。所以，巴厘岛至今仍保留着印度教的习俗，成为印度教徒的庇护所。
荷兰与葡萄牙和西班牙不同，他们不反对伊斯兰教也，也不传播基督教，一开始其目标完全是商业性的。所以，荷兰与当地苏丹签订专利经销协定，建立贸易垄断，排除竞争对手。
可是，荷兰东印度公司后来没有实现垄断香料贸易的目的。于是，荷兰东印度公司开始掠夺土地或与地方君主达成协议，在一些地区强迫种植欧洲需要的单一经济作物。
1656年，荷兰消灭特尔纳特苏丹国，控制了整个马鲁古群岛。 1668年，荷兰消灭望加锡苏丹国。 1662年，苏门答腊的米南保人发动反对亚齐的起义，他们寻求荷兰人帮助，荷兰得以进驻巴东。 1674年，爪哇爆发大规模叛乱，苏丹请求荷兰帮助镇压。作为军费的补偿，1677年荷兰获得了勃良安和三宝垄港两块土地。 1684年，万丹发生内乱， 荷兰扶植亲信登上王位，万丹失去了独立。
17世纪末，荷兰已成为爪哇的霸主，马塔兰的苏丹只是他们的仆从。爪哇人不能接受这样的局面，王是内部争吵不断，引发叛乱。荷兰人趁机干涉，最终造成爪哇内战。
荷兰在爪哇内战中收获颇丰，取得了很多土地。1704-1707年，爪哇把井里汶和马都拉割让给荷兰人。1740年，荷兰人还制造了巴达维亚大屠杀，5000名华人被害。幸存者逃往北方，荷兰人又借口于1743年获得了爪哇北部沿海和最东部地区。
之后，马塔兰苏丹迁都苏拉卡尔塔。爪哇王室很不团结，国土再小依然阻挡不住分裂，跟战国时期的周王室有一拼。1749-1757年王位继承战后，马塔兰一分为三，一个是苏拉卡尔塔国，一个是日惹苏丹国，最后一个是首都也在苏拉卡尔塔的莽古尼加拉苏丹国。
18世纪末，荷兰的海上霸权已被英国取代，加上香料贸易的衰落，荷兰东印度公司的利润大大减少，军事和行政开支却不断在增加，已到了濒临破产的地步。同时，荷兰人在群岛的统治对当地土著并没有太大改变，因为他们只局限于和地方君主打交道。但是，荷兰在爪哇直辖地对咖啡种植园农民的剥削大大激了矛盾。
1795年，法国入侵荷兰，建立了法国保护下的巴达维亚共和国。逃往英国的荷兰执政害怕在印尼的殖民地落入法国之手，所以将荷兰东印度公司交给英国人管理。于是，英国开始征服印尼。1799年，荷兰东印度公司解散。1811年，英国占领爪哇大片土地，由莱佛士任督府管理。不过，1815年荷兰王国成立后，英国把东印度公司及其殖民地还给了荷兰，荷兰恢复了巴达维亚殖民政权。
但是，此后英国与荷兰在马六甲海峡地区展开争夺。1818年，英国从荷兰手里夺取马六甲。为了避免冲突升级，1824年双方签订《伦敦协议》，划分了各自的势力范围：英国控制海峡北部，荷兰控制海峡南部；英国把明古鲁交给荷兰，荷兰承认英国拥有马六甲。
1825年，爪哇再次发生战争，当地一位亲王以维护伊斯兰名义排斥外国人，华人也受到冲击和屠杀。于是，荷兰人派军镇压。1830年，荷兰吞并了日惹苏丹国和苏拉卡尔塔国大片领土，但保留了爪哇贵族。虽然赢得了土地，但却耗费了大量的财力，财政状况急剧恶化。
1830年，为了弥补财政亏空，荷兰在爪哇推行新的强迫种植制度，即甘蔗、靛蓝、咖啡等经济作物生产由殖民当局直接控制，其产品售后全部归荷兰财政。同时，荷兰又雇佣了一些爪哇代理人管理农民。所以，农民等于被扒了两层皮，受到了残酷的剥削。而这一种植制度，却给荷兰殖民当局和宗主国带来了滚滚财富。
可是19世纪中后期，随着工业革命的开展，荷兰的工业获得大发展，国内的工业资产阶级强烈要求把印尼作为原料产地和商品倾销市场。因此，1870年，荷兰在印尼废除了强迫种植制度，咖啡除外，直到1917年才废除。随后，荷兰通过土地法，使荷兰私人资本家可以发展甘蔗、橡胶等私人种植园。其结果就是，大量印尼公社土地无限期的租给了荷兰私企。
19世纪中叶，英国在婆罗洲北部地区的扩张也激起了荷兰人的积极性。早在18世纪以来，荷兰就对坤甸北部的华人公司——兰芳公司虎视眈眈，不惜派军队干涉，妄图将其征服。但1777年，兰芳公司成为“兰芳大统制共和国”，假借清朝的权威，荷兰人之后并不敢轻举妄动。19世纪后期，清朝已经衰败，无暇顾及南洋。1884-1885年，荷兰趁中法战争之际，入侵和吞并了兰芳共和国。不过，荷兰人还是害怕清朝作出反应，1912年才正式公布兰芳被吞并的事实。
1858年，荷兰控制了苏门答腊东北部沿海地区，并镇压了巴达克人的反抗。 1863年，荷兰兼并马辰苏丹国。 1873年，在英国的支持下，荷兰企图兼并亚齐苏丹国。但是遭到了强烈的反抗，引发了全面的游击战争，成为荷兰殖民史最漫长的一次战争。直到1913年，荷兰才完全征服亚齐。 1885年，荷兰还与德国、英国瓜分了新几内亚岛，获得了西新几内亚的主权。
荷兰尽量压缩尚未被占领的印尼岛屿地盘，甚至不惜采取激烈的军事行动。到1914年，除了加里曼丹北部的沙捞越和北婆罗洲属于英国，新几内亚岛东部由英、德瓜分，帝汶岛大部属于葡萄牙，印度尼西亚群岛全部成为荷兰殖民地，奠定了今日印度尼西亚的版图基础。
19世纪末20世纪初，在穆斯林商人与华人的商战中，印度尼西亚民族主义萌芽产生。鉴于在商业竞争中受到华人排挤，他们于1911年建立了“穆斯林联盟”，后发展为群众运动，但是在与殖民当局的抗争中比较软弱。1920年，印共成立，但是其起义活动遭到荷兰当局的镇压。
于是，由于以上两者的失败，1927年苏加诺成立印尼民族党。印尼民族党采用红白两色的旗帜，其历史可以追溯到满者伯夷王朝，后来成为印尼国旗。印尼民族党还主张把印度尼西亚语作为国语。1933年，苏加诺及其他领导人均被荷兰殖民当局逮捕，直到1942年日本人来了之后才被放出来。
1942年3月，日本占领爪哇，接着控制了除西新几内亚南部的印度尼西亚大部分地区。印尼人觉得日本来这里只是为了开采资源，所以抵抗并不强烈，以苏加诺为代表的印尼民族主义者甚至于日本人展开合作。作为回报，1944年，日本允诺印度尼西亚独立。在独立前，苏加诺通过了《建国五项原则》，其要点是：民族主义、国际主义、民主主义、社会主义、信仰神道。一句话，印尼信仰自由，目的就是为了排除建立伊斯兰国的可能性。
1945年8月17日，日本战败后，印度尼西亚共和国独立。这是一个单一的、中央集权制国家，苏加诺首任总统。不过，荷兰并不承认，1945年荷兰重返巴达维亚，与新生的印尼共和国进行了持续4年的较量。
荷兰利用印尼内部的各种矛盾，于1946年提出建立置于荷兰王国之内的印尼自治共和国。印尼断然拒绝，则要求荷兰承认印尼共和国的地位。于是在美国的调停下，1947年印度尼西亚联邦合众国成立，印度尼西亚共和国只是其中的一个组成单位。但是这个协议遭到了印尼各方的反对，没有付诸实施。
1947-1948年，荷兰发动了对印尼的两次军事打击，眼看印尼共和国就要趋于瓦解。不过在美国的施压下，荷兰被迫屈服。1949年，《海牙协定》签署，印度尼西亚合众国成立，由16个邦组成，印尼共和国只是其中的一个邦。印度尼西亚合众国仍为没有多少实际意义的荷印联邦的一员。西新几内亚由荷兰暂时治理。
但是这个合众国是短命的，它只是荷兰人甚至美国人的眼中印尼，并不是印尼民族主义者眼中的印尼，并由此出现了各种分裂活动。1950年8月，一个统一的印度尼西亚共和国成立，联邦主义体制结束，代之以中央集权体制和议会制度。
印尼独立后一贯的外交方针就是亲西方，1955年万隆会议后又采取反殖民主义政策，驱逐了印尼的所有荷兰人。印尼认为自己是荷兰殖民者的合法继承者，其中应包括西新几内亚。
1962年，眼看印尼和荷兰的冲突一触即发。在美国的压力下，荷兰被迫作出让步。1963年，印尼接管西新几内亚，并于1969年举行公投。但是公投没有举行，被《自由选择条约》取代。最终，巴布亚部族首领同意归属印度尼西亚。岛的东部则于1975年成立巴布亚新几内亚。印尼之后采取移民政策使西巴布亚部族成为少数，致使90年代以后要求独立的呼声不断加强。
在西新几内亚取得成功的鼓舞下，印尼愈发膨胀起来。本来英国已经与荷兰划定了在加里曼丹岛的范围，成为日后马来西亚和印尼的分界线。可当加里曼丹岛北部的文莱、沙捞越和沙巴州要加入马来西亚时，印尼表示强烈反对，并进行干涉。
印尼的目的有两个：一个是阻止出现由新加坡华人领导的国家，一个是在加里曼丹岛北部建立亲印尼的政权，为最终将其合并做准备。不过，印尼的企图遭到东南亚各国的反对，最终被英国镇压而失败。1965年，印尼甚至一度退出联合国，整个国家处于崩溃的边缘。
除此之外，印尼还对东帝汶提出领土要求。东帝汶本是葡萄牙殖民地，1974年，葡萄牙发生革命，放弃了殖民地。按理说，东帝汶应当独立。可是，东帝汶内部发生分裂，一派主张独立，一派主张继续与葡萄牙保持关系。1975年，东帝汶爆发内战，胜利的一方宣布独立。
这个时候，印尼派军入侵东帝汶，1976年其变为印尼的一个省，联合国从来不承认这种吞并行为。印尼为了消灭东帝汶抵抗力量，采用屠杀、流放等野蛮手段，1976-1988年，东帝汶因战争和饥饿死亡20多万人。
但东帝汶没有放弃争取独立，在联合国压力下，1999年，印尼不得不允许东帝汶进行独立公投，3/4的人赞成独立。2001年，经过联合国过渡时期后，东帝汶正式宣布独立。
印尼的理想
不过，除了已独立的东帝汶和西新几内亚，印尼仍面临很多问题，最棘手的就是亚齐人。苏门答腊岛的亚齐人是占婆人后裔，从来没有承认过荷兰当局，也没有承认过印度尼西亚。1961年，成立亚齐特别自治区，1976年发生自由亚齐运动。1998年起，新一代自由人又投入到武装斗争中，“野火烧不尽，春风吹又生”。
1965年，印尼发生苏哈托大清洗，50多万人遇害。1967年，印尼与马来西亚实现和解，建立东南亚联盟组织。之后，印尼的政策仍然是亲西方。但是问题重重，专制、腐败、贪污之风盛行，七八十年代先后发生多起由学生和穆斯林教徒抗议引发的骚乱。1997年，印尼受亚洲金融危机重创，又引发了1998年大规模骚乱，华人受到波及，死伤数十万。
2001年，提倡非宗教世俗主义的苏加诺之女梅加瓦蒂上台后，印尼才步入正轨。
印度尼西亚的主体民族是爪哇族，但国语和语言却是印度尼西亚语，即印尼化的马来语。印度尼西亚民族具有两个传统，一个是马来人的自由主义，主张经济自由化，政治对外开放；一个是爪哇人的专制态度，表现为集权，甚至带有一定的大国沙文主义。因此这两个传统对印尼的各方面影响还是很大的。
印度尼西亚面积190万平方公里，人口2.6亿，岛屿众多，国土破碎，是世界上最大的群岛国家。同时，印尼有100多个民族，200多种语言，每个岛的分布情况都不一样，差别巨大，极其复杂。另外，还有伊斯兰教、基督教、万物有灵论教很多种宗教。所以，印度尼西亚要想维持内部的稳定和发展，本身就是一项极大的挑战。
由于自然条件限制，印尼境内多火山、地震，多山地、丘陵，平原稀少，降水丰沛，但大多数岛屿土壤并不肥沃，粮食至今不能自给。但印尼盛产经济作物，矿产资源丰富，海域广阔，地理位置优越，港口优良，自然风光和人文资源丰富，非常适合发展渔业、工商业和旅游业。只是能不能成功，完全在于人的发挥。
